目前，在中國市場中，大量的在線水質分析儀器應在企業廢水污染物排放自動監測項目中，并且正在成為環境稅的計稅工具。這類在線水質分析儀器在實際的應用中面臨的主要挑戰是水質監測數據的可靠性和準確度問題。
在線水質分析儀器采用的測量原理和測量方法和實驗室標準分析方法不太可能完全一致，存在方法誤差;表現出來的現象是：儀器可以準確測量標準溶液(常常是單一化合物的水溶液)的濃度;但是對于實際水樣，衡量是否準確的標準是和實驗室人工方法的測量值比對，除了方法誤差，還有可能存在人為誤差的影響。
以COD(化學需氧量)為例，COD本來是一個條件參數，其定義是：在一定的條件下，水中的各種有機物質與外加的強氧化劑(如K2Cr2O7、KMnO4等)作用時所消耗的氧量;按照HJ828-2017《水質化學需氧量的測定重鉻酸鉀法》(標準取代了國標GB11914-1989)，標準的測量條件是：水樣加入試劑后，保持微沸2小時等等;采用在線COD分析儀器，測量條件很難完全和標準要求的條件一致，這樣，就有可能影響COD這個條件參數的在線分析儀器的準確度。
其次，對樣品預處理的方法與流程和實驗室標準方法不一致，受儀器連續運行及安裝環境等一系列條件的限制，在線分析儀器采用的樣品預處理系統很可能和相應水質參數對應的標準分析方法要求的預處理條件不一致，這樣，也有可能對最終的測試結果帶來影響。
針對這些問題，環境管理部門的技術人員開展了大量的在線水質分析儀器適用性研究和比對測試工作，并根據不同水質指標，制定了有十分嚴格而有針對性的比對測試流程和規范，希望可以找到一個好的解決辦法。
需要說明的是：不是所有的在線分析儀器都需要面臨如此嚴格的測量準確度要求。不同的使用目的，對儀器性能的要求也不盡相同。
根據應用目的的不同，在線水質分析儀器又可以分為監測型和過程型兩類，監測型分析儀器用于單純的水質監測，以測量成分指標和評估性綜合指標為主，用來判斷水質是否達到法規的要求，以及環境水質(地表水,地下水)和飲用水水質的報警和預警性監測，不參與水處理工藝過程控制；這類儀器對測量數據的準確度(精度、誤差)要求較高，數據可以作為有關部門進行執法管理的依據；
過程型分析儀器主要用于水處理工藝過程監測，以測量工藝指標、替代指標為主，所測量的水質指標參與過程控制，以優化水處理工藝，提升水處理效率。
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